Ο Πανελλήνιος Σύνδεσμος Επιχειρήσεων Ηλεκτρονικών Εφαρμογών, Πληροφορικής και Νέων Τεχνολογιών λειτουργεί στη βάση και τα πρότυπα των διεθνών Μη Κυβερνητικών Οργανώσεων (ΜΚΟ) με τη νομική μορφή Αστικής Εταιρίας μη Κερδοσκοπικού Χαρακτήρα.Η διοίκηση του Συνδέσμου ασκείται από συλλογικά όργανα, τα οποία αποτελούνται από μέλη εκλεγμένα από τη Γενική Συνέλευση.
Η βασική διοικητική δομή του Πανελλήνιου Συνδέσμου Επιχειρήσεων Ηλεκτρονικών Εφαρμογών, αποτελείται από τη Διεύθυνση και τη Γραμματεία. Η Διεύθυνση υλοποιεί τις δράσεις της διοίκησης. Η Γραμματεία έρχεται να υποστηρίξει όλες τις δραστηριότητες που αναπτύσσονται και καλύπτει άμεσες ανάγκες λειτουργίας. Παραρτήματα του Συνδέσμου λειτουργούν σε πολλά μέρη της Ελλάδας και υλοποιούν προγράμματα για τα μέλη.
Το Διοικητικό Συμβούλιο του Συνδέσμου είναι πενταμελές και έχει διάρκεια 3 έτη. Μετά τις πρόσφατες αρχαιρεσίες στις 9 Οκτωβρίου 2020, προέκυψε το παρακάτω Διοικητικό Συμβούλιο:
| Βανίδης Χαρίλαος | Πρόεδρος |
| Κωτούλας Θωμάς | Αντιπρόεδρος |
| Στεφανίδης Δημήτριος | Ταμίας |
| Κατωτικίδου Σουλτάνα | Γενική Γραμματέας |
| Χαλαμούτης Ναούμ | Μέλος |